Application d’approches utilisant l’ADNe dans un contexte de conservation de l’écrevisse à pattes blanche en rivière
Bon écoute on va commencer bon ben bonjour tout le monde bienvenue au premier séminaire 2024 merci à Valentin de se prêter au jeu je donne quelques mots pour le présenter on le connaît ici mais voilà comme c’est filmé tout ça pour les gens qui peut-être sont à l’extérieur et ne
Connaissent pas Valentin quelques mots de présentation donc comme je disais nous on connait bien ici puisquil a fait sa thèse entre 2014 et 2017 ici sur un sujet très orienté m barcoding diatomé avec une entré une sortie bioindication et aussi de d’améliorer des un aspect quantitatif autour de de cette technique
Après il a enchaîné de trois postdoc on va dire entre 2017 et 2020 où là il a fait l’optimisation de ses méthodes biologie molécula toujours accès sur le metabarcoding mais à plus large échelle avec une sortie très opérationnelle et puis depuis 2020 il est donc chef de projet scientifique euh sur la
Thématique adne dans le bureau d’études SIM bio interface et avec une vocation à travailler en terme d’appui à la recherche et à la gestion n’hésite pas à compléter ce qui manque je te laisse la parole je te remercie merci Stéphan du coup pour l’introduction c’est sûr que la plupart
Des gens du Labau me connaissent avec l’entrée diatomé inventaire diversité en méta barcoding et là je vous présente un projet sur lescevis alors je suis pas devenu écologue ou spécialiste de la bestiole ça ça s pas déclenché du jour au lendemain mais vous allez voir que du
Coup je voulais vous présenter ce projet pour montrer le tytre de mission par exemple qu’on me demande ou de projet qui est porté maintenant que je suis passé du côté obscur chez un privé donc c’est pas mal aussi de présenter ce genre d’action couplé donc là l’idée c’est vraiment de travailler sur le
Contexte de la conservation et de la préservation d’écrevis à pas de blanche en rivière et je vais vous présenter vraiment un projet avec l’Université de Poitier et l’ofb donc vous verrez le détail des partenaires plus loin donc juste déjà pour mettre un peu de contexte pourquoi l’écreviss à PES
Blanche parce que c’est une espèce patrimoniale problématique des rivières en métropole en France et en Europe là vous avez la carte de distribution mise à jour 2023 de où est-ce qu’on la retrouve et dans quel département par contre faut pas se fier à la couleur verte c’est que si on a travail c’est
Que il se passe des choses c’est que alors je remets un peu de contexte sur son écologie son cycle de vie vous voyez que au cours d’une année il peut y avoir des chevauchements de plusieurs étapes dans le cycle de vie de l’espèce de la reproduction les M les juvéniles avec les adultes
Donc elle a une écologie qui est assez complexe à étudier et à travailler alors quand on fait de la dne c’est ce genre d’information qui nous intéresse pour savoir quand qu’aler no date de prélévement par exemple par contre on l’étudie parce que les populations sont
En fort déclin ce qui veut dire qu’il y a beaucoup d’enjeux sur la conservation et la gestion de ces espèces sur les milieux aquatiques alors elles sont déclin parce qu’elles sont sensibles à l’altération du milieu déjà donc les pertes d’habitat la dégradation de la qualité des EOS mais surtout c’est que
Déjà elle perd aussi en combat de pince direct avec toutes les espèces invasives donc elles se font battre déjà sur ces aspects là en compétition et en plus les espèces invasives sont connu pour être porteuse saine d’un champignon d’un Naomi 7 qui est responsable de la peste
De l’écrevis et bah l’crevis à pates blanche est vulnérable à cette maladie et ça finit en fait de faire chuter les populations donc là vous avez un petit tableau qui est résume un peu le les différentes espèces d’écrevises qu’on peut retrouver en métropole en France avec leur leur sensibilité par rapport à
La pestste decrovis si elles sont porteus saines ou sensibles ça va les ça va les flinguer alors en général quand on parle de l’écrevis à patte blanche on parle de la peste et voilà le top 3 des invasives des espèces invasives exotiques envoissant pardon qui bah qu’on retrouve
En France qui se propag et qui font décliner les populations de PES blanche donc la paifastacus non musculus procomarus clarquy et puis fationus li limosus anciennement or connectes limosus je vous les présente parce que on travaille sur les crevis à pates blanche mais quand on travaille sur une
Espèce cible avec un enjeu de conservation on peut pas forcément s’affranchir d’étudier les autres espèces qui affectent leur distribution alors c’est une espèce enjeu de conservation ça veut dire quoi ça veut dire que bah elle fait l’objet de mesures réglementair à la fois sur les habitats la pêche et le transport
Des individus euh ça veut dire pour des structures de gestion sur des cours d’eau sur des bassins versants bah elles doivent mettre en place des programmes de conservation donc il y a des actions qui existent déjà en routine et ces programmes nécessitent pour fonctionner bah d’avoir des données importantes de
La distribution de l’espèce pour savoir comment se porte les population est-ce qu’elle décline est-ce qu’elle se maintiennent est-ce qu’elle se propage spatialement sur un secteur il y a besoin de déployer des méthodes de suivi bah les moins invasif possible parce que on risque d’introduire la peste on risque on risque d’habîmer les individus
Donc bah nous en intervenant d’abîmer les populations et après il y a besoin d’étudier les autres espèces anoctones en vaillissantes qui peuvent bah si on sait qu’elles arrivent sur un territoire donné bah on anticipe déjà des actions peut-être pour essayer de protéger les dernières populations pte blanche alors
Comme souvent sur ce genre de groupe biologique bah les méthodes actuelles sont très chronophages pour étudier les populations ça repose beaucoup sur des campagnes de suivi nocturnne plusieurs plusieurs jours d’affilé donc plusieurs personnes donc c’est très à mettre en uvre ce qui veut dire qu’on peut pas le déployer facilement à très grande
Échelle et d’une année à une autre on va même pas pouvoir être en capacité de retourner au même endroit d’une année autre parce que déjà onarrive pas à faire tout notre bassin inversant en gestion par exemple donc c’est un peu délicat donc la question d’ ma présence aujourd’hui c’est quelle est la
Pertinence d’approche qui utilise de l’ADN environnemental pour essayer un peu de guider pas de remplacer mais de guider des actions de gestion qui existe déjà pour prioriser peut-être des secteurs d’études parce que là on a une capacité de d’étude plus importante alors je l’aime bien celle-là
Parce que ça résume très bien ce qui nous arrive en fait les approches adne au sens général ça marche bien quand on les prépare et qu’on anticipe les problèmes ça marche pas tout le temps ça c’est clair ça marche pas pour tout ça c’est clair aussi mais du coup la chance
Favorise ceux qui sont préparés donc quand on fait un travail sur ce genre d’espèceah la première chose c’est de se préparer et de se préparer bah c’est déjà on va se redéfinir entre différents partenaires entre acteurs l’unité de base de travail qui est environnemental et se mettre d’accord sur une définition
Qu’on utilise il n’en existe pas qu’une on a tous des sensibilités bah voilà quand on travaille sur ces thématiques de donner une définition moi celle que je vais utiliser c’est celle qui est la plus pragmatique la plus simple c’est tout ADN extra à partir d’un échantill environnemental que ce soit de l’eau du
Biofilm de l’air du sol en milieu aquatique je vais plutôt parler d’unité de d’eau et de biofilm ça ça ça sera ces matrices là et ça correspond à tout type d’ADN qui peut être présent dedans donc si on a des micro-organismes bah c’est des individus vivants micro-organismes qui sont directement dans l’échantillon
Pour le casadre de l’écrovis bah on va plutôt avoir de l’ADN qui est relargué dans le milieu sous forme de tissu de fessesse qui peut être intracellulaire extracellulaire plus ou moins dégradé donc avec une dynamique très particulière mais voilà moi mon unité de travail ça va être celle-ci en
ADN quand on parle d’ADN Environnmental alors en interne ici euh je pense que ça va les gens sont très sensibilisés mais il faut garder à l’esprit que quand on discute avec des structures de gestion d’autres laboratoires de recherche souvent on oublie qu’il y a différentes technologies en fait la Dine
Environnementale c’est une matrice et les outils qu’on déploie en laboratoire pour travailler cette matrice sont très différents en fonction des questions qu’on se pose donc on connaît surtout les approches qui font de l’inventaire diversité donc le mabarcoding ou à partir d’un échantillon là l’exemple c’est un échantillon de biofilm bah on
Extrait l’ADN on vient amplifier par PCR une région pour un groupe biologique donné les diatomés les écrevies les poissons et après par séquençage et couplage avec une base de référence on est capable de transformer ces séquences obtenu séquencé en inventaire d’espèces en inventaire taxonomie donc chez les écrovis il
Existe par exemple des amorces spécifique des Décapodes les qu’on appelle midc qui ont été développés par une équipe au Japon mais voilà c’est très généraliste donc au sein des décapotes il a les écreuises mais d’autres espèces qu’on peut codétecter on produit des inventaires taxonomiques et on est en quantification
Relative et pas en quantification absolue on est en proportion relative d’espèces dans un assemblage complexe donc c’est très délicat quand on travaille avec des signaux ADN libres d’interpréter quantitativement des fluctuations ça nécessite quand même certains regards critiqu sur les données et puis les gestionnaires souvent ils oublient qu’on a des
Approches qu’on utilise enfin qui existent depuis des décennies qui sont utilisés en routine dans les laboratoires dans diagnostic ou laboratoire de recherche c’est toutes les approches on suiv plus spécifique alors PCR quantitative ou plus récemment la digitale PCR je parlerai digital droplet PCR par rapport à la technologie
Qu’on utilise ici et là ben on a des amorces qui sont spécifiques d’une espèce cible ce qui permet d’avoir des limites de détection et quantification beaucoup plus fines qu’on aurait eu en séquenage et surtout un intérêt c’est que on peut avoir une information quantification absolue c’est là l’unité
Qu’on a c’est un nombre de copies de G de notre cible dans l’environnement faire le lien entre cette quantification absolue et une densité de population par contre c’est une autre histoire ça c’est délicat par contre la métrique qu’on a on sait que voilà dans cet échantillon à
Ce moment donné on avait tant de copies du gne de notre site quand on fait le travail de review sur qu’est-ce qui existe actuellement dans la littérature pour les écrevistes donc ça c’est un travail qui a été fait par thomasud qui est postdoc à université de Poitier donc qui est
Intégré au projet que je vais vous présenter plus loin donc c’est un travail qu’on a mené ensemble de synthèse bibliographique pour faire un peu l’état de là on s’aperçoit comme la plupart des études adne en environnement que ça démarre depuis une décennie en gros 2014 ça a démarré les premières
Publications au fil du temps on voit que ça augmente par contre par rapport à d’autres groupes biologiques comme poisson ça a plutôt tendance à stagner ou pas forcément à avoir une grosse dynamique d’évolution méthodologique donc les nouveautés sont assez peu fréquentes en fait en tout cas peu publi
C’est souvent en fonction des contextes géographiques et thématiqu alors géographique les plus la plupart des travaux ont été faits en Europe donc ça tombe bien l’air géographique en France ça nous concerne quand même pas trop mal souvent l’entrée c’est espèce invasive pas forcément espèce patrimoniale avec en jeu de conservation
Donc la Pte blanche a pas forcément eu autant d’effort de développement que les autres espèces et si on regarde après la distribution par taxon par espèce bah sur les crevises à PES blanche on a une dizaine de publications à peu près qui existent mais qui chacune ont fait des
Développements de l’optimisation pour la détection de cette espèce dans l’environnement si on regarde la distribution des marqueurs génétiques utilisés en routine soit pour du séquençage soit pour du suivi spécifique on est surtout sur des marqueurs mitocondrios donc le CO1 donc 87 % des études utilisent cette région là de
Travail et on voit qu’on est sur des longueurs assez courte d’amplicon ciblé parce que comme on est sur de laadn libérée potentiellement dégradé ou avec avec un état incertain mais on travaille sur des fragments courts donc déjà les études même si elle datent de 10 ans ils
Avaient déjà bien anticipé que bah la matrice de travail dans l’environnement ça va être des fragments courts alors pas beaucoup de publication mais ça veut pas dire que le niveau de maturité technologique qui existe n’est pas déjà proche de l’opérationnel il a déjà des belles études en fait euh de
Mémoire c’est en République tchèque et ici j’ai oubliéappartenance mais ils ont déjà tenté de déployer à l’échelle géographique large d’un pays ben des méthodes de détection spécifique alors là ils avaient C espèces codétecté quatre écrevices la peste et ils peuvent déjà projeter des cartographies de distribution sur leur territoire travail
Donc ça pour un gestionnaire typiquement c’est une information intéressante parce que sur une carte on voit la distribution des espèces est-ce qu’elles disparaissent ou pas par contre pourquoi c’est pas plus déployé en routine et ben comme d’hab dès qu’on travaille sur de laadn environnementale et qu’on regarde
Un peu comment travaillent les gens en tout cas les chercheurs parce qu’en général c’est développé dans des cadres de recherche chacun fait sa sauce en terme de développement en terme de protocole en terme de matériel de composant et là vous avez la distribution par exemple sur la partie échantillonnage filtration bah de la
Composition des filtres utilisés de leur porosité et de la solution de préservation qui était utilisée et on s’aperçoit que bah sur les 37 études il y a quand même déjà C types de filtres on s’aperçoit que les porosités il y a quand même le 045 MICR qui est
Qui est couramment utilisé bah qui ressort mais qu’on peut monter quand même assez haut et avec des solutions de préservation très variées donc ça c’est pas quelque chose de nouveau ça av été déjà identifié dans d’autres études de dire bah juste déjà les types de filtres qu’on peut utiliser pour filtrer un
Échantillon d’eau voilà il y a différents types différents volumes filtré différentes manières de filtrer qui ont une incidence sur bah la qualité la quantité d’ADN qu’on va récolter puis du coup l’interprétation qu’on va si on rentre un peu dans l’extraction bah pareil juste l’étable d’extraction ADN il y a déjà 5 kits commerciaux
Identifiés sachant que ça ces C kits commerciaux représentent 66 % des kits utilisés en routine et encore des laboratoires qui utilisent le phénol chloroforme par exemple donc ou le cable bah encore une fois quand on décide d’essayer de développer un outil pour le rendre opérationnel à l’échelle d’un pays bah
Faut composer avec tout ce qui existe pour essayer de trouver bah un compromis entre toutes ces choses pour essayer de voir est-ce qui est plus viable est-ce que tout marche ou pas donc le projet qu’on a construit avec Frédéric grandan à l’université de Poitier et Nicolas poulet à
L’EP il a cette entrée là de dire il y a déjà beaucoup de choses qui ont été développées en suivi spécifique en inventire diversité méabarcoding ça a été testé dans plein d’environnements différents mais avec souvent des requettes bah pas avec l’orientation opérationnelle large échelle donc est-ce qu’on avait pas possibilité de
Construire un projet comme ça et là je viens sou qui a eu un fort appui scientifique alors pour ceux qui sont ici vous avez déjà dû croiser hoise du Val qui travaille dans un bureau d’études qui s’appelle fish pass qui est en partenariat avec C bio donc tous les
Deux on la spécialité ADMA et en stage de 2e année de butut puis actuellement qui en alternance donc j’aurais aimé qu’elle présente avec moi mais elle est pas elle est pas présente au labo cette semaine donc Flavie et là ce que jeis vous présenta derrière elles ont contribué à beaucoup de choses là-dessus
Donc déjà quand on fait une étude avec entré Aden environnemental sur sur une espè cible il y a la vision recherche on veut les protocoles les plus robustes qui existent normal on veut développer ses propres approches parce qu’on a notre question et en plus on a la compétence
Pour développer donc chouette on passe notre temps à optimiser à essayer d’améliorer les choses et on le fait pourquoi bah pour être à la pointe technologiquement les derniers outils et aussi pour adapter bah les outils qui existent à nos questions d’écologie précises parce que il peut y avoir des
Choses en routine mais ah faut non pour ma recherche c’est pas ça ça quand on regarde la littérature scientifique c’est souvent développé avec cette orientation les outils après on peut avoir des instances publiques ministère de l’Environnement en France là je je vais présenter la partie OFB qui eux
Vont dire bah c’est bien mais moi je veux les protocoles les plus opérationnels peut-être que le truc qui marche le mieux en science bah je serai pas capable de le déployer à très large échelle donc dans ce qui existe bah je vais peut-être pas aller prendre tout de
Suite le plus performant parce que toute façon je pourrais jamais le déployer en routine ou à l’échelle donc eux ils sont là avec cette question là de dire bah dans tout ce qui existe montrezmoi l’opérationnalité borner les avantages et limites dans un contexte de gestion sur des cas d’études très diversifiés
Des cours d’eau différents des lacs différents TR sur les systèmes lacus l’opérationnalité à large échelle et surtout bah moi mon entrée c’est pas forcément une question scientifique d’écologie générale mais plus une entrée de gestion donc c’est des moments c’est des sujets qui se chevauchent mais qui quand même on des entrées très
Différentes et après quand vous discutez avec les structures de gestion alors des fédérations de pêche des naturel des conservatoires d’espac naturel alors eux ils s’en foutent en fait de toutes ces considérations là eux ce qu’ils aimeraient déjà c’est un compte-rendu de qu’est-ce qui existe est-ce que ça
Marche parce que moi gestionnaire ce que j’aimerais savoir par exemple est-ce que je suis capable de faire un diagnostic en aveugle pour détecter cette espèce sur mes stations sur mon bass inversant oui non après de comment ça marche le détail de est-ce que c’est la meilleure
Ou pas ça c’est on va dire c’est pas leur Popot est-ce qu’on peut faire le suivi d’une population connue parce que l’idée c’est de moins aller sur les cours d’eau pour pas introduire la peste et flinguer les dernières populations de pas de blanche qui existent donc il y a
Cette entrée là est-ce que si demain j’ai un programme de réintroduction des crevis à pas de Blanche parce que j’ai restauré des habitats sur un cour d’eau est-ce que c’est un outil qui permettrait d’évaluer une efficacité de restauration c’està-dire la réintrtroduction l’espèce est-ce qu’elle se maintient est-ce qu’elle se propage
Et est-ce que la population augmente et surtout évaluer si quand je réintrodu l’espèce est-ce que j’ai de la peste ou pas avant de déclencher mon action de réintroduction parce que si je détecte encore la peste dans l’environnement bon je bloque le processus de réintroductionespèces ça sert à rien
Donc vous voyez qu’il y a trois angles différents et moi mon taf et ben grosso modo c’est là où j’ai ma compétence et avec sabio c’est souvent là où on se retrouve c’est moi j’ai une entrée d’écologie microbienne par contre j’ai une entrée techno méthodo qui permet d’essayer de compiler ces différents
Trucs pour voir qu’est-ce qu’on peut faire et en fait c’est la fusion de ça qui a permis de créer le projet de dire j’ai beaucoup de requêtes de gestion je sais l’ofb quelles sont vos attentes dans la littérature on peut faire le tri de ce qui a été développé de la
Recherche et on fait un projet pour voir si on peut répondre à tous ces besoins en même temps avec l’existant et vous voyez que sur les structures de gestion il y en avait à peu près 250 qu’on avait contacté sollicité pour leur dire on va faire ça sur les creevis à pte blanche
On vous prévient à l’avance déclarez-vous si ça vous intéresse la thématique donc bah les 93 fédérations de pêche 24 conservatoires d’espace naturel en métropole ainsi de suite juste pour leur dire on va travailler là-dessus si ça vous intéresse on vous donnera les infos il y a eu un fort appui côté EB
Bah la DRASS via Nicola poulet mais il y a eu un très très fort soutien des directions régionales et certains services départementaux là j’ai listé les quatre départements qui sont beaucoup investis sur le terrain et après avec Nico avec Frédéric grandjan qui lui pour le coup est vraiment spécialisé dans l’écologie de
L’écrovis au sens très large c’est son c’est sa thématique de recherche bah du coup on a une complémentarité comme ça méthodo écologie générale et vision de gestion opérationnelle largechelle alors le projet on l’a appelé i crayon he me posez pas la question pourquoi faut pas chercher par contre comme tout projet on
A un planning donc qui va 2023 2025 les premières étapes déjà sur l’année dernière c’était de dire on va optimiser donc la synthèse bibliographique c’est le travail de Thomas une partie de la review que je vous ai présentée qui est en cours publication est-ce qu’il faut développer des primers où l’existant est
Suffisant donc faut tester l’existant en fonction des résultats bah on va peut-êtreoptimiser des primers adaptés en métropole et valider des protocoles bah pour tout de terrain de laboratoir pour pouvoir les communiquer les diffuser et dire ah oui bah ça ça marche bien ça ça marche pas bien bon l’idée
C’est pas d’avoir la solution optimale mais de dire est-ce qu’on y arriverait pas vous voyez qu’on on a des phases de terrain de labo des échantillons environnementaux e et diophine on a des moocs parce qu’on a accès à des tissus extrait d’individus des différentes espèces d’écrevis qu’on retrouve en
Métropole donc ça nous permet de jouer au la laboratoire et après on déploie en comparaison méthodologique B en suivi spécifique la Digital PCR et la qPCR et en plus du séquençage l’idée c’est de voir ces trois techno est-ce qu’elle renseignne la même chose est-ce qu’il y en a des plus pertinentes que d’autres
Pour certaines questions ou pas pour à la fin conseiller aussi de dire si toi ta question c’est faire un diagnostic en aveugle bah part plutôt sur ces techno ah non tu veux faire un suivi d’une population et voir comment elle évolue dans le temps bon ok là tu peux tout
Utiliser donc l’idé c’est aussi de faire du conseil aux gestionnaires par rapport à leur futurs besoins et appel d’offre de marché par fin fin d’année dernière on avait des sites pilotes distribués sur la métropole c’estàd qu’on stabilisait déjà des protocoles de terrain à communiquer aux structures de gestion donc là l’idée
C’était bah tout déployer dans une première campagne de terrain donc on avait estimé qu’il fallait 30 échantillons pour voilà réparti sur la France pour voir est-ce que ça marche ou pas c léger pour que bah cette année 2024 euh bah là on trie un peu déjà sur ses
Premiers résultats Quel techno bah ça ça sert à rien pas la peine de le refaire cette année ah non ça faut insister on met plus d’énergie cette année et déployer sur un plus grand nombre de stations donc on avait estimé qu’il nous fallait 100 prélèvements cette année je vais vous présenter rapidement
Alors parce qu’il y a beaucoup de choses à dire mais je sais qu’en interne ça intéressait beaucoup de monde le travail de Flaville notamment en 2e année sur la stabilisation par exemple de quelle solution de préservation utiliser sur nos filtres sur le terrain quel type de filtre quelle température de
Préservation parce que nous après quand on a envoyé des kits pour faire les terrains aux structures qui faisaient les terrains bah il fallait bien qu’on a stabilisé ça à l’avance donc ça faisait partie de la première phase de travail donc là c’est la présentation de Flavi qu’elle a fait à la fin de
Son sa deè année l’idée c’était il y a trois types de filtres qui sont utilisés en routine des filtres ouverts des filtres encapsulés avec différents volumes là vous avez les stivex vous voyez les volumes théoriques maximum qu’on est capable de filtrer quand on fait un préléement d’eau et des
Formats lourds on peut aller jusqu’à plusieurs dizaines de litres donc là c’est les cartouche et vous voyez le volume d’élution c’estàd qu’une fois qu’on a fait la filtration bah qu’est-ce qu’on ajoute dans le filtre pour préserver le filtre pour éviter de la dégradation deadn quand on n’est pas en capacité
D’extraire l’ADN en laboratoire tout de suite alors là vous avez les types de filtres et là vous voyez les différentes durées de préservation qu’on a testé extraire directement c’estd pas de solution de préservation congélation directe des filtres et on extrait pour nous c’est la méthode qui permet d’avoir
Moins de perd donc en théorie contrôle qui marche le mieux sauf que sur le terrain quand vous demandez un conservatoire d’espace naturel un parc ou une association de faire une manique pour vous bah il a pas un 20 deg il a pas une heure de route entre le terrain
Et le labo pour faire la filtration donc il a un compromis déjà de base à dire bon B tant pis on pourra pas faire ce qui est parfait en science il faut leur donner des outils où combien de temps ils peuvent préserver quelque chose et à quelle température là c’est pas indqu on
A testé de température et tro types de solution préservation filtration avec des cartouchesra pour ceux qui ont pas vu il y a le matos en interne je sais que Marine et Jonas ont déjà utilisé voilà ça correspond à des pompes comme ça avec le filtre ici puis on tre directement soit
Dans donc là l’avantage c’est que c’est automatisé il une pompe et on peut suivre le volume filtré grâce à un débitmètre sur les filtration fil stérilx là on a ramené les échantillons d’eau au laboratoire et c’était sur rampe donc ça c’est la méthode conventionnelle qui est utilisé en interne et on avait deux
Rélicat par type de filtre et par condition pas plus parce que en fait on a tellement de conditions qu’on s’est retrouvé à des centaines de litres d’eau filtré et que c très compliqué de faire plus humainement et techniquement donc c’est un peu la limite de l’étude donc
Si on zoome là vous avez les stérvex et les filtres out qui sont sur des supports cachés ici on nous fait passer notre r du sur les fil rapidement si vous regardez les filtres ouverts par exemple à gauche en haut 0 c’est jour zé temporalité une c’est après 2 semaines temporalité 2
C’est après 3 semaines de préservation temporalité 3 c’est un mois de préservation vous avez deux types de solution de préservation la MC1 et le tampon de préservation qui est utilisé en routine enfin qui était utilisé en routine en interne un cartel et deux modalités de temp
Donc ce qu’on voit déjà c’est que par rapport à la quantité maximale théorique qu’on peut obtenir si on fait la filtration en direct après le terrain direct après de semaine peu importe la condition on a une perte d’ADN donc ça c’est pas nouveau si on prend le filtre
Ouvert tampon de préservation on voit qu’à 4 deg en bleu ici bah on a une perte rapide mais après ça se tend à stabiliser avant vraiment de décroître et la température ambiante là cé surprenant on avait une augmentation d’ADN en théorie dans le temps dans le tube température ambi l’hypothèse la
Plus probable c’est qu’il y a développement bactérien dans la solution donc ça rajoute de l’ADN artificiellement et potentiellement notre ADN qui était environnemental s fait boulotter par les bactéries donc on augmente la quantité d’ADN artificiellement la quantité d’ADN de notre cible potentiellement dispar donc
Ça on n pas eu le temps de le tester en su spécifique filtre ouvert pardon sur la solution tempon de préservation non pardon j’ai inversé les de tempon de préservation c’est en haut là où il y a potentiellement un développement bactérien dans le temps solution MC1 elle est en bas et on voit
Qu’elle bah c’est une solution avec beaucoup de produits chimique potentiellement qui inhi un développement bactérien ce qui fait que pour les deux conditions de température bon on n’est pas trop il y a pas trop d’écart stévex les deux types de solution et les deux temporalités là on s’aperçu qu’en
Fait il y avait quasiment pas de différence peu importe la solution ou la température ça av l’air d’être plutôt stable en tout cas en quantité d’ADN extrait et les cartouches en B pareil c’est plutôt stable en fonction des conditions mais les quantités obtenu par rapport à filt
Ouvertx sont beaucoup plus basses et ça ça vient du fait que dans ces cartouches là on un gros volume d’éluion on filtre beaucoup mais on él beaucoup donc artificiellement on diminue notre quantité d’ADN on a tendance à trop l’éluer à trop la diluer en tout cas techniquement nous on n pas
Été capable d’optimiser ça donc ça fait partie des travaux d’optimisation sur ces grosses cartouches ces gros filtres par quand même in un intérêt à travailler sur des gros volumes sur des contextes environnementx si on regarde B c’est bien la quantité d’ADN mais dans cet ADN est-ce qu’il y a notre cible ou pas
Est-ce que on a perte de signal au cours du temps en fonction des solutions ce que je vous ai pas dit c’est que dans nos solutions de préservation on a intégré un ADN contrôle un ADN de baleine artificiellement nous au laboratoire ça veut dire que on sait en
Quelle quantité on l’a amené au début donc un mois plus tard si la quantité n’a pas bougé c’est qu’en théorie a trop de phénomène de dégradation sur cet ADN court qui simule un ADN environnement vous voyez là sur St à 20 de de semaines 3 semaines mois il a quasi pas de
Dégradation à 4 de pas plus de différence aprè on a les données quantitatives c’est des donné résult pour par contre regarde le tampon de préservation par rapport à la quantité qui est la même en théorie sur les deux bah déjà au bout de 2 semaines
Euh on avait quasiment perdu les 80 % de l’ADN en dégradation pourtant quantité d’ADN total on percevait pas ça donc c’est toujours important d’avoir les deux regards sur quantité d’ADN plus à ma cible comment elle s’est dégradée et vous voyez que plus on avance dans le
Temps et moins on a de détection en fait de ce contrôle ça marche mieux quand on travaille à 4°gr et de toute façon cette C solution elle avait pas forcément été préfléché pour travailler à température ambiante faut garder ça aussi on est en train de détourner l’usage originel de ces
Solutions en tout cas nous on veut travailler 4° 20° on sait que bah cette solution est pas adaptée donc on n pas parti sur cette solution si on regarde sur filtre ouvert solution MC1 deux modalités de température c’est très stable et on s’aperçoit que sur filtre
Ouvert alors il y a une perte il y a de la dégradation mais elle est moins importante que ce qu’on a observé en dégradation sur les stérx donc ça on n pas eu le temps de décortiquer toutes les données d’expliquer les théories là-dessus ce qui compte c’est qu’en gros
Nous pour nos besoins on s’aperçu que la solution MC1 semblait plus adaptée à travailler à des température ambiante 4 deg donc ça ça va dégradation au cours du temps on s’aperçoit que avec ce contexte MC1 4° 20° on peut au moins recommander aux gens qui font les
Terrains de pendant un mois en théorie pas trop d’urgence à nous renvoyer pour faire une extraction donc ça laisse un peu de souplesse aux gens qui font le terrain pour n renvoyer les échantillons mais par contre le tri entre filtre ouvert et stévex il est toujours pas net
Et par nature moi je sais que les filtres ouverts bah c’est plus performant parce que c’est pas encapsulé on arrive mieux à récupérer l’ADN total et c’est ce qu’on a vu tout à l’heure la quantité d’ADN elle est plus facile à récupérer par contre sur pour du terrain de l’opérationnel d’avoir un filtre
Encapsulé ça évite que le manipulateur Vienne contaminer artificiellement et quand on passe par des structure ou des personnes qui sont pas formées qui ont pas les réflexes une fédération de pêche qui a fait le matin bah des pêches écrevisses invasives ou pas sur des bassines bah potentiellement il y a de
L’ADN un peu partout contaminant donc c’est très bien d’avoir ces solution encapsulé pour limiter ce B là d’un point de vue chiffré on va faire simple ça veut dire que là vous avez le nombre de copie de gène par microlitre d’ADN obtenu pour la baleine et dans un contexte d’étude pour
La lescobis signal et on s’est aperçu que sur tampon préservation MC1 STX FIB filtre ouvert bah la meilleure modalité c’est quand même stervex et le choix sur la température reste assez négligeable au final a surprenant que ça puisse paraître il peut aussi bien travailler à 20 degr
Qu’à 4 degr ça a pas l’air d’avoir un impact important que ça la limite là de ce travail bah c’est les nombres de replica pour bien cerner les variabilités entre là il y a les deux récas mais il en faudrait bien tro à qu pour évaluer vraiment si statistiquement
C’est différence par contre quand on voit qu’on a 50 et qu’on a 500 bon il y a pas besoin de plus en fait il y a pas besoin de stat pour voir ça on recommande 28 jours on n pas testé plus ça se trouve on pourrait très bien
Dire aux gens vous avez 2 mois mais on a pas testé donc on le recommandera la dernière section je vais vous présenter les résultats préliminaires qu’on a eu sur la campagne de terrain 2023 donc là c’était la définition de ce qu’on envoyait aux gens pour nous faire la campagne sur le
Terrain donc on avait une quinzaine une vingtaine de site d’études en France donc là vous avez le nom des des cour enfin en tout cas des cours d’eau principaux sur les bassins versant étudi et les structures OFB syndicat parc naturels régionaux qui se sont occupés des prélévements de terrain et qui
Étaient partenaires scientifiqu technique et financiers du projet on n pas été très souple avec eux c’est-à-dire qu’on leur a dit bah là pour cette première année et puis même pour la deuxième on va travailler sur des contextes connus de présence de PES blanche parce que là c’est de la
Calibration quand même un petit peu hein ça marche potentiellement mais ce qui nous intéressait cé d’avoir des sites on sait qu’il y a des populations présentes déjà étudié et connu récemment et de faire des designs spatiaux de dire bah voilà on se met en limite aval connu de
Présence de la population là où le signal ADN en théorie est le plus fort et on fait des prélèvements à l’aval 500 m 2 km ça c’est une deuxième information pour un gestionnaire de dire j’ai présence absence ah oui mais mon signal potentiellement il a dérivé de 500 m
2000 m 2000 m depuis la mon vers laav quand je ne détecte rien bah ça veut potentiellement juste dire dire bah monte 2 kilomè au dessus parce que là où je fais le prélèvement de toute façon je peux pas t’informer sur une plus grande distance sur ton Massin inversa ou si on
Détecte quelque chose ça veut pas dire que la population est là mais potentiellement il y a une population importante plus haut et on détecte une dérive du signal sur cours d’eau trois réplicas de terrain sur des filtres sur des filtrations d’eau donc des stévex un prélèvement de biofilm en
Parallèle pour voir si on détecte sur une matrice comme le biofilm par un signal ADN libre qui aurait pu se stocker s’archiver donc ça c’est le travail de Fred qui avait été proposé pendant la teste de cziana donc là c’est on voit si ça a un intérêt pour ces
Contextes là de travail et après il y avait tout un volet sur certaines mesures physico-chimiques des suivis de terrain donc je vais juste vous présenter la ddpcr sur C cibles mais il y a de la qPCR et du metabarcoding qui sont prévus cette année sur les données de l’année
D’ère voilà un kit qu’on leur envoie euh tout ce qu’il y a dedans donc il y a encore de l’optimisation et de l’évolution pour essayer de l’alléger pour qu’ils a le moins de manipulation le moins de consommable le moins de choses à prendre en compte pour que ce
Soit le plus rapide et surtout qu’il pas de risque de contamination pour ceux qui m’ont vu au labo cet été c’est pour ça que j’ai mobilisé la sal à Na pendant une semaine pour préparer bah tous les kits bah de toutes les structures en France à leur envoyer pour qu’il fassent les terrains
Donc ça ça prend un peu de temps en logistique le type de résultat qu’on a c’est qu’on avait 24 d’études Ave TR prélèvement d’eau ces trois rlicas de terrain on a fait l’extraction avec nu nucléom water donc c’est un kit machagel sur un automate qu’on a ici interne on a
Fait c cibles en ddpcr parce qu’elle nous permet la technologie qu’on a de codétecter jusqu’à 5 à 6 signau en parallèle donc même si l’entrée cétait écrevis à pte blanche pèe de l’écrevis on a quand même intégré la codétection des TR espèces invasive potentiel donc signal la clarquy et puis lesosus
Et vous vous voyez un peu le type de résultat environnemental qu’on a en détection des dpcr donc ça c’est un contrôle positif de tissu sur les crevices à PES blanche c’est pour ça qu’il y a beaucoup d’événements positifs en détection par contre quand elle est quand on détecte pardon lescrevis signal
Ou la clarquy on vérifie qu’il y a pas de faux positif entre les différents marqueurs qu’on utilise et après ce que vous voyez les quatre autres exemples ici bah c’est le type de signal environnemental quand on a des faibles populations donc là bah typiquement on n
Pas détecté de sa pte blanche sur ces quatre échantillons par contre il y a l’ crevis signal et potentiellement il y a même cétection de la carquille de la signale avec des densités de détection différentes en cartographie je vous présente trois pas toutes euh les 20 sites d’études mais voilà un exemple je
Vais vous présenter des cas d’école et des cas qui marchent pas comme ça vous verrez la réalité de ce qu’on a ça ça marche bien c’est-à-dire que le bassin versant l’amont est ici et le sens d’écoulement d’eau va vers le ha donc on a placé les stations en tête de bassin
Là où il y a la population connue et on s’aperçoit qu’en fait on la détecte très bien donc la détection bleue turquoise c’estcis sa pte blanche on détecte que elle le long du linéaire et puis à un moment donné bah on détecte plus on est en limite de distribution d’espèce et
Surtout on est en limite de diffusion et dilution de notre signal ADN donc on peut estimer une distance théorique à partir duquel on narrive plus à détecter sur ces typologie de cours d’eau donc le syndicat il sa typiquement sur ce cours d’eau si demain il veut extrapoler à
D’autres cours au ah bah c’est maximum 1 km 1 km5 d’accumulation de détection sur une station donc c distance spatiale par rapport à une source d’émission ADN c’est aussi une une entrée qu’on ça marche bien mais on a des surprises cette fois c’est l’inverse l’écoulement c’est du haut vers le bas
Donc la population de patte blanche elle est sur la partie haute du linéaire on la détecte très bien puis on perd le signal et on s’aperçoit qu’en aval on se met à détecter dans ce cas-là lescevis signal une invasive et c’est souvent ces profils là quand on étudie les crevis
C’est-à-dire qu’on a des populations rélictuelles qui sont en tête de bassin sur des chevelus et puis il y a des euh front de colonisation d’invasive et en fait de fait d’avoir cette distribution spatiale ça permettre de savoir jusqu’où on détecte la pâte blanche vers laav mais aussi potentiellement de savoir
Jusqu’où remonte une invasive si on fait du temporel on peut voir comment spatialement évoluent ces signaux et dire ah bah ouais faites gaffe là c’est encore en train de monter ou ça se trouve ça fait 10 ans que ça pas bouger on détecte en rouge cc de rouge c’est le la
Pest le marqueur qu’on utilise on sait qu’il fait des faux positifs c’estàdire que dès qu’on travaille sur du microorganisme et du champignon il y a plusieurs souches qui existent déjà est-ce qu’on est capable de détecterur correctement toutes les souches et il y a d’autresanom environnmentaux qui sont pas pathogènes
Mais notre marqueur ça donc pour ce marqueur là c’est pour ça qu’il est enintill c’est une suspicion on ne fera jamais de conclusion direct de dire on est sûr ça y est alors pas de bol et bol en même temps il y a des nouveaux marqueurs qui sont sortis début de cette
Année qui ont résolu une partie de la spécificité des marqueurs qu’on a utilisé l’année dernière donc le collègue frédri il part directement sur ses nouveaux marqueurs ça sert à rien d’utiliser les anciens et ça ça permet aussi de montrer aux gens qu’il a des évolutions très rapides sur les
Méthodes donc là c’est peut-être tout à fait normal qu’on codétecte l’agent de la peste et la patte blanche en même temps parce que ça se trouve c’est pas un infomicè pathogène et c’est là où il y a besoin de toute la connaissance de terrain naturaliste de
Ah est-ce que il y a la mortalité observée ou pas voilà il y a un échange après en local et celui que j’aime bien il se passe rien et ça ça arrive régulièrement c’estàdire qu’on sait qu’ici en tête de bassin il y a une population d’ciss à P blanche on la
Détecte pas en ADN bah ça ça fait partie de la réalité de déployer un outil qui a peut-être été développé dans une région dans un pays et l’extrapoler à un autre contexte géographique la chimie l’eau change la géologie du milieu change ça se trouve on a une souche une population qui a une
Variation génétique qui a pas été anticipée à la construction des amorces donc on peut y passer à côté ce cas là quand on a regardé très clairement c’est plutôt un contexte chimique et géologique local c’estàd qu’il y a peu de matière organique en suspension peu de matière minérale en suspension donc
L’ADN a tendance à s’absorber dessus pour dériver et c’est grâce à ça qu’on arrive à le collecter facilement donc là il y a pas ça il y a de la calcite au fond des cours d’eau et ça pour ceux qui font un peu de biomol bah ça arrive
Régulièrement que la calcite juste à l’extraction ça rendre nos tubes effervescent parce que la chimie du milieu réagit avec la chimie de nos outils et ben ça peut avoir un impact sur notre capacité à détecter donc là il y a tout un travail de discussion et d’optimisation méthodologique parce que
Ils ont un contexte local qui fait que c’est pas facilement extrapolable l’outil dernier cas d’étude qui n’a rien à voir avec avec le projet principal mais qui est toujours sur les crobis un parc qui m’avait mandaté pour faire un diagnostic bah sur son bassin versant en aveugle de dire bah voilà j’ai une
Vingtaine de stations trentaine de stations j’aimerais savoir si j’ai les cris à PES blanche détectable dessus ça c’est ce pourquoi il m’avait demandé de faire l’étude il y a rien ah bon ben du coup c’est ça l’avantage de d’être à la frontière en fait avec de
La recherche et de la science c’est que ok on lui a dit tu nous as demandé de faire ça on va te faire la C détection d’espèces invasives du coup là si on détecte rien c’est pas un problème méthodologique et la personne était pas au courant il
Savait qu’ils avaient de la clarquie et de la signale dans leur bassin versant par contre ils avaient pas anticipé cette propagation et potentiellement s’il avait des populations de PES blanche avant bah elles se sont fait flinguer donc en fait de plus en plus aussi on fait la recommandation de dire
Tu veux regarder les crevis à pâte blanche essaie quand même de regarder un cortège d’espèces qui peuvent aussi te donner des explications pour toi gestionnaire de pourquoi en détectant ça ça peut être la méthode ce qu’on a vu avant et ça peut être aussi très facilement décortiqué là c’est un contexte écologique
Biologique je m’arrêterai là je remercie bah du coup l’ensemble des partenaires alors là je n’existé que les partenaires euh